Зайдите Главное меню → Склад → Экспорт в 1C-бухгалтерия.

Задайте период, выберите вид документа «Инвентаризация» (5), выберите «Все».

Запустите поиск. А далее действуйте по стандартной схеме.
При загрузке «Инвентаризации» в 1с:
на приход товара мы создаем документ «Оприходование товаров» (Вид операции 100);
на списание товара документ «Списание товаров, материалов» (Вид операции 101).